Внедрение VDI требует заметных первоначальных вложений: на сервера, на которых будет развертываться инфраструктура; на «тонких клиентов», которые обеспечивают связь виртуальных компьютеров с мониторами и клавиатурой; на модернизацию локальной сети, если ее пропускная способность недостаточна для быстрого обмена информацией виртуального компьютера и «тонкого клиента». 

Однако стоимость эксплуатации виртуальной структуры ниже: системные блоки физических компьютеров дороже «тонких клиентов» и требуют замены каждые 3 года. «Тонкие клиенты» могут эксплуатироваться в течение 8—10 лет. Техническое обслуживание виртуальной инфраструктуры обходится дешевле, и потери рабочего времени работников заметно снижаются. По этим причинам виртуальная инфраструктура в течение 3—5 лет обходится дешевле физической.